Στην ευρύτερη περιοχή των υγροτόπων διαμορφώθηκε, με το πέρασμα των χρόνων, μεγάλη ποικιλομορφία στη βλάστηση. Περιδιαβαίνοντας τον τόπο μπορεί κανείς να διακρίνει, τρεις μεγάλες ζώνες βλάστησης:
- Τη βλάστηση στις νότιες τοποθεσίες της Λίμνης Ισμαρίδας και των λιμνοθαλασσών όπου το αλάτι και η άμμος κάνουν σαφή την παρουσία τους, όπως στα υφάλμυρα νερά, στα αλμυρά λιβάδια, στα αλλίπεδα, στις αμμοθίνες και στις αμμώδεις παραλίες.
- Τη βλάστηση που διαμορφώνεται στα περιβάλλοντα τα οποία επηρεάζουν οι ποταμοί κοντά στις όχθες τους.
- Τα μικτά δάση είτε αειθαλή είτε και φυλλοβόλα, καθώς και οι διάφοροι τόποι θαμνώνων.
Φυτά στους θαμνώνες με αρμυρίκια
- Αρμυρίκια (Tamarix sp.)
Φυτά στις υδρόφιλες φυτοκοινωνίες
- Λευκό νούφαρο (Nymphea alba)
- Μυριόφυλλο (Myriophyllum sp.)
- Κίτρινο νούφαρο (Nuphar lutea)
- Ποταμογείτονας (Potamogeton natans)
Φυτά στους καλαμώνες
- Καλάμι (Arundo donax)
- Σάζι (Typha latifolia)
Φυτά στα λιβάδια με βούρλα
- Θαλασσόβουρλο (Juncus maritimys)
- Βούρλο (Juncus acutus)
- Πολύγωνο (Polygonum sp.)
- Κυνόσουρος (Cynosurus sp.)
- Αγριαδα (Cynodon dactylon)
- Μαρούβιο (Marrybium)
Ορισμένοι από τους κύριους βιότοπους στην περιοχή της Ισμαρίδας, είναι:
- Βουνοπλαγιές και κοιλάδες
- Πεδιάδες και καλλιέργειες
- Υγρόφιλα δάση
- Θαμνώνες με αρμυρίκια
- Βιότοποι γλυκού νερού
- Καλαμιώνες
- Αλμυρόβαλτοι και αλλίπεδα
- Λιβάδια με βούρλα
- Λιμνοθάλασσες
